La formación como psicoterapeuta está estructurada en un programa de dos ciclos, independientes y complementarios, de dos años cada uno. En el primer ciclo se estudian las bases teóricas de la formación psicoanalítica y se inicia al estudiante en la práctica clínica. Al final del primer ciclo se obtiene el diploma del Máster Psicoanalísis. Bases teóricas y clínicas, expedido por la institución. En el segundo ciclo se consolidan estas bases y se desarrollan con aportaciones teóricas específicas. El alumno, con la supervisión de profesionales de larga trayectoria clínica, empieza a hacer psicoterapias. Al acabar el segundo ciclo, se obtiene el diploma de Psicoterapia psicoanalítica de adultos y el reconocimiento curricular para ser acreditado por la Federación Española de Asociaciones de Psicoterapeutas (FEAP).

La formación se basa en tres pilares ofrecidos por el centro: el teórico, con el conocimiento de las principales teorías psicoanalíticas; el clínico, con el estudio de la psicopatología y la técnica psicoanalítica, y el práctico, realizado en la propia institución, con sesiones clínicas, entrevistas y tratamientos psicoterapéuticos supervisados individualmente por profesionales experimentados. El psicoanálisis personal es un requisito necesario para la práctica clínica.